1963年、東京教会の矢内昭二牧師により神奈川区鶴屋町の私学会館の一室にて伝道開始。 諸教会の協力を得て1年目にして集会出席が15名程となる。 1965年の暮れ、キリスト改革派日本伝道会（ＣＲＣ）のＨ．Ａ．スミット宣教師が横浜に来訪し、ＣＲＣ横浜伝道所となる。 宣教師と共に潮田純一協力教師が加わり、 1966年に旧会堂地を購入、翌67年2月に献堂式を行う。1971年4月、藤井重顕牧師が着任し日本キリスト改革派教会 横浜教会を設立。その後1980年から濱民雄牧師が就任。2000年4月に中部中会より林豊彦牧師が赴任し2013年に退任。以降、代理牧師を山下正雄牧師（メディアミニストリー主事）が務める。2011年10月には現在の会堂が完成、11月より新会堂にて礼拝や集会を開始。